Publié le 10/02/2011 à 13h17 /

L'envol de la génomique dans la sélection bovine

// En l'espace de quelques années, la technologie génomique est en train de révolutionner la sélection bovine. En témoigne le succès des taureaux diffusés au travers de l'insémination animale.

Apparues seulement dans le courant de l'été 2009, les doses de taureaux “génomiques“ proposées par Genetic'A représentent aujourd'hui 40 % des inséminations artificielles. Et la proportion devrait encore croître © Réussir
La révolution génomique poursuit son bonhomme de chemin et tisse peu à  peu sa toile au sein du dispositif de sélection de l'espèce bovine. En pratique, la sélection assistée par marqueurs génétiques (SAM) permet de prédire le potentiel génétique d'un animal à  partir d'une analyse de son génome. Les races laitières ont été les premières à  bénéficier de cette évolution puisque, depuis plus d'un an, les coopératives d'inséminations proposent des taureaux évalués uniquement par ce biais-là . « En l'espace de trois ans, les choses ont beaucoup évolué gràce à  de nombreuses avancées technologiques », confirme Denis Boichon, responsable du service génétique de l'entreprise de sélection Midatest. Dès l'été 2009, les premiers taureaux « génomiques » de race Prim'Holstein ont fait leur apparition dans les cuves des inséminateurs. Dans un premier temps, ils ont fait l'objet d'une diffusion massale qui est venue se substituer à  la traditionnelle offre de testage. Au travers de cette distribution, les index de l'animal utilisé ne sont pas communiqués à  l'éleveur. « Les unités de sélection françaises ont souhaité faire preuve de prudence dans l'attente que la précision de cette méthode soit confirmée par une évaluation sur descendance au départ les coefficients de détermination qui traduisent la fiabilité des index n'étaient pas suffisamment élevés » commente Francis Brazzorotto, directeur de l'union de coopératives Sorélis, née du regroupement de Béarn insémination génétique (BIG) et de Genetic'A.La génomique permet de baisser les prix
Au cours de la campagne 2009-2010, plus de 150 taureaux ont été ainsi diffusés. Bénéficiant de prix inférieurs par rapport à  leurs congénères indexés sur descendance, les animaux composant cette nouvelle gamme ont été très demandés par les producteurs. « On constate que les éleveurs ont bien accueilli cette nouvelle offre on s'aperçoit qu'ils croient en la génomique et en sa fiabilité », témoigne Jean-Paul Naprous, directeur de la coopérative Gen'Adour. Durant cette première année de distribution, la gamme génomique a représenté environ 20 % des mises en places de semences. En 2010, la sélection génomique a franchi un nouveau cap. « Le perfectionnement de la méthodologie de la SAM permet d'obtenir aujourd'hui une fiabilité de l'indexation très intéressante dès le départ » explique Denis Boichon. Des coefficients de détermination proches de 0,7 autorisent désormais une diffusion individuelle des reproducteurs. Ainsi, les éleveurs laitiers ont aujourd'hui à  leur disposition trois catégories de taureaux d'insémination. En plus de la gamme traditionnelle composée d'animaux indexés sur descendances, sont venus se rajouter des taureaux « génomiques » diffusés, eux aussi, individuellement, avec leurs propres index. De plus, certains jeunes reproducteurs continuent à  faire l'objet d'une diffusion massale. À l'heure actuelle, les taureaux « génomiques » représentent au moins 40 % des inséminations réalisées et cette proportion devrait continuer à  progresser rapidement. Selon Francis Brazzorotto, « les rapports devraient vite s'inverser, car les taureaux génomiques bénéficient du progrès génétique et disposent en général de meilleurs index la SAM accélère le progrès génétique d'abord parce qu'elle raccourcit l'intervalle de générations. À terme, on peut penser que les taureaux génomiques vont supplanter les animaux évalués sur descendance ». Ce point de vue est partagé par Jean Paul Naprous, « chez certains producteurs, les taureaux génomiques représentent déjà  80 % des mises en place. Ils y voient un réel intérêt technique gràce à  des montages génétiques intéressants, à  des origines nouvelles mais aussi à  la possibilité d'utiliser des lignées déjà  confirmées enfin, il y a aussi une question de prix ».
Malgré ce succès, la sélection génomique connaît elle aussi quelques obstacles. Par exemple, la disponibilité en semences peut s'avérer parfois problématique. En effet, même si la valeur génétique d'un animal peut être connue très tôt, il faut attendre environ un an pour que l'animal produise de la semence et plusieurs mois avant de pouvoir assurer une distribution suffisamment large (un taureau peut produire de 1500 à  3000 doses par mois et il en faut environ 50.000 pour envisager une diffusion correcte dans notre région). Cependant, cette difficulté devrait être en partie éludée par une rotation extrêmement rapide des taureaux proposés à  l'insémination artificielle. « On s'oriente vers un plus grand nombre de taureaux et une réduction de l'intervalle entre génération, estime Francis Brazzorotto, il devrait y avoir un turnover rapide et le phénomène des taureaux « stars » pourrait s'estomper ». Enfin, à  l'image des autres systèmes de sélection, la technologie génomique n'est possible que s'il existe, en amont, une population de référence suffisamment importante et contrôlée. D'où le rôle essentiel du Contrôle laitier au travers de la mesure des performances en ferme.Un nouvel élan pour la génétique
Dans les années à  venir, la révolution génomique devrait poursuivre sa marche en avant. Dernièrement, une nouvelle puce à  ADN vient d'être mise au point (la puce est l'outil qui permet de lire des positions dans le génome). Celle-ci utilise 800.000 marqueurs génétiques (petits morceaux d'ADN), alors que la précédente en exploitait seulement 54.000. « Même si elle ne sera pas forcément utilisée en routine, cette nouvelle puce va permettre d'améliorer encore un peu plus les connaissances et la précision de la technologie », indique Denis Boichon. Gràce à  ces nombreux atouts, la génomique ouvre de nouvelles perspectives pour la sélection bovine et renforce l'intérêt de la génétique. Dans un contexte de plus en plus tendu pour la rentabilité des élevages bovins, la génétique reste, en outre, un bon moyen d'améliorer les performances techniques du troupeau.
Fabien Brèthes
Races allaitantes
Les races laitières (Prim'Holstein, Montbéliarde et Normande) ont été les premières à  bénéficier de la technologie génomique. Les principales races allaitantes leur emboîtent peu à  peu le pas. Les responsables de la race Blonde d'Aquitaine réfléchissent aujourd'hui à  la mise en place de ce nouvel outil. « La tàche est un peu plus difficile en élevage allaitant parce que les populations de référence, testées au travers du contrôle des performances, sont souvent de taille plus réduite », indique Denis Boichon. Pour l'heure il est encore difficile de dire précisément quand les premiers taureaux de race à  viande sélectionnés via cette technique seront disponibles. « On peut légitimement penser que des taureaux indexés avec cette technique seront disponibles d'ici quelques années », estime Francis Brazzorotto.

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