De fortes menaces pèsent sur le crédit d'impôt pour congés. Dans le cadre de la chasse aux économies budgétaires, le ministère de l'Agriculture envisage sa remise en cause dès 2010, alors même qu'il a été reconduit par la loi de Finances 2010 et sa non-reconduction en 2011.
Le président de la FNSEA, Jean-Michel Lemétayer, le président des JA, Jean-Michel Schaeffer et le président de Service de Remplacement France, Nicolas Fischer ont immédiatement réagi pour dénoncer cette initiative gouvernementale.
Dans un courrier qu'ils ont fait parvenir à  Bruno Le Maire, les trois présidents lui indiquent qu'ils « n'accepteront pas la suppression de ce crédit d'impôt » et lui demandent de le « maintenir » et de le « pérenniser ».
Depuis sa mise en place en 2006, 20000 agriculteurs et agricultrices en bénéficient chaque année. Ce sont 160000 journées de remplacement pour congés qui ont été réalisées en 2009, soit près de 30 % de l'activité des services de remplacement.